Le journal révèle un épisode de dissension entre le ministère de l'Intérieur et la commission, inconnu jusque-là. "Accroc majeur" selon les mots du journal,  à l'occasion de l'épisode du malaise vagal, le 26 juillet 2009. Lorsque le chef de l'Etat est victime d'un malaise , après son jogging à Versailles, un "informateur propose le scoop à une rédaction parisienne contre rémunération", raconte le journal.

"Alerté par un journaliste cherchant à vérifier cette information, le ministère de l'Intérieur veut savoir d'où vient la fuite et envisage donc d'examiner les appels passés par les gardes du corps du président". Or, la commission a refusé, au grand dam du ministère de l'Intérieur.

Le ministère s'est heurté encore à un autre veto de la commission, "quand elle a voulu identifier les contacts d'un agent présumé des services américains en France".

Depuis 2010, le ministère de l'Intérieur a donc élaboré une autre tactique pour passer outre la commission. "Les policiers ne prennent pas le risque de s'exposer à un refus de la CNCIS. Ils décident de la contourner en invoquant la "défense des intérêt nationaux". Puisque dans ce cas, la loi de 1991 qui régit les écoutes administratives, autorise un accès direct aux opérateurs de téléphonie, sans l'aval de la commission.

C'est ainsi que les rumeurs sur la vie privée du couple présidentiel en février 2010 sont présentés comme liées à la "défense des intérêts nationaux", explique le journal.

Quant aux recherches de la DCRI concernant la source de Gérard Davet, journaliste au Monde en charge du dossier Bettencourt, l'Express ne précise pas si les policiers ont contourné la CNCIS. "Plusieurs membres de la commission s'estiment trahis", précise toutefois le journal. "En dehors des cas de terrorisme, la jurisprudence de la commission varie et la position des deux derniers présidents aussi", regrette pour sa part un policier. "Il est urgent de clarifier la loi".