Le 5 décembre 2008, la présidente de l'Association française de lutte contre les myopathies (AFM), Laurence Tiennot-Herment, expliquait sur France Info, que le Téléthon participe à hauteur d'environ d’1,3 ou 1,5 million aux frais de diffusion de France Télévision.

Samedi 17 janvier, Rue89 explique avoir obtenu une confirmation de l'AFM et de France Télévisions : "L'AFM nous a transmis la réponse faite par son directeur général au courrier d'un lecteur du Républicain Lorrain, paru le 16 décembre: « Cette participation correspond aux coûts techniques supplémentaires engagés par France Télévisions pour les nombreux directs réalisés de différentes villes de l’Hexagone afin de rendre compte de la mobilisation populaire. Bien entendu, cela ne concerne pas les animateurs et artistes qui, tous, participent gracieusement à l’émission.». Cette somme s'inscrit dans le budget de collecte de l'association, qui a représenté 9,5% du budget total en 2007. L'argent versé à France Télévisions représente 14,8% de ces frais de collecte. (...) Chez France Télévisions, on précise que le budget total des 30 heures de direct s'élève à 5,5 millions d'euros. Dont 4 millions sont donc pris en charge par le diffuseur, qui ajoute réaliser à cette occasion "les pires audiences de l'année" : pour le "prime-time" du samedi, la moitié d'un samedi normal. (...) Le journaliste de France Info Olivier de Lagarde, qui avait repéré l'info dans le dossier de presse juste avant le dernier Téléthon, remarquait que Radio France, autre partenaire, ne demande rien aux organisateurs du Téléthon."

Sous l'article de Rue89, plusieurs internautes s'étonnent : "Donc en clair, France Télévisions se gratte sur le dos des généreux donateurs puisque Radio France est capable de ne pas facturer contrairement à ce que France Télévisions prétend lorsqu’elle dit perdre de l’argent." remarque l'un d'entre eux, en faisant référence au fait que Radio France, qui est aussi partenaire du Telethon, mais avec beaucoup moins de moyens techniques, ne facture pas l'association.